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研究论文 | 更新时间:2023-12-11
    • 癌症相关促凋亡蛋白Par-4的信号转导途径预测研究

    • Prediction Signaling Transduction Pathways of Cancer related Apoptosis Protein Par-4

    • 赵艳超

      ,  

      张淑波

      ,  

      陈维田

      ,  

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      ,  
    • 中山大学学报(自然科学版)(中英文)   2010年49卷第6期 页码:83-88
    • 纸质出版日期:2010

      网络出版日期:2010-11-25

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  • 赵艳超, 张淑波, 陈维田, 等. 癌症相关促凋亡蛋白Par-4的信号转导途径预测研究[J]. 中山大学学报(自然科学版)(中英文), 2010,49(6):83-88. DOI:

    Prediction Signaling Transduction Pathways of Cancer related Apoptosis Protein Par-4[J]. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis SunYatseni, 2010,49(6):83-88. DOI:

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    摘要

    利用支持向量机(SVM)技术构建Par-4关联的蛋白质相互作用网络,预测出与Par-4有相互作用的蛋白质82个;这些蛋白质按照功能划分为8大类,主要包括:蛋白激酶、泛素化蛋白酶、死亡受体相关因子、与细胞周期或DNA复制相关蛋白质、调节蛋白质、与疾病相关蛋白质、具有特定结构域结合蛋白质和其他蛋白质等。结合文献挖掘和数据库检索信息,推断出了Par-4的2条可能新的信号转导途径。首次预测到Par-4与一大类泛素化蛋白有密切的关系。研究发现,Par-4与多种蛋白质具有复杂的相互作用,并且,在多个细胞凋亡途径中扮演了重要角色。

    Abstract

    Based on the Support Vector Machine algorithm, the proteinprotein interactions (PPI) networks between Par-4, the cancerrelated apoptosis protein, and related proteins have been built. There are 82 proteins have been predicted interacting with Par-4. The proteins are classified into eight groups by biological functions, which include protein kinase, death receptor associate factor, ubiquitinprotein ligase, special disease associate proteins, DNA replication related proteins, special structure associate protein, regulatory protein and others. Combined with literatures mining and molecular chaperones of Par-4 searching from BOND database, two new signal transduction pathways of Par-4 have been deduced. In this paper, we first discover that Par-4 interacts with a group of ubiquitinproteins. We find that Par-4 has complicated interactions with many proteins. Par-4 plays a major role in some apoptosis pathways.

    关键词

    Par-4; SVM; 蛋白质相互作用; 细胞凋亡; 信号转导

    Keywords

    Par-4; SVM; proteinprotein interactions; apoptosis; signal transduction

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    相关机构

    中山大学生物防治国家重点实验室
    中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室
    中国科学院研究生院
    中山大学药学院
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